Culture de selles

Quand demander cette analyse

La culture des selles permet d’identifier les bactéries pathogènes responsables de la diarrhée aiguë, qu’elle soit aqueuse (syndrome cholériforme) ou accompagnée de glaires et de sang (syndrome dysentérique).

Une culture de selles ne doit pas être demandée chez une personne qui n’a pas de diarrhée.

Cet examen permet de détecter les bactéries les plus fréquemment responsables des diarrhées infectieuses, à savoir :

• Salmonella spp
• Shigella spp
• Campylobacter spp
• Yersinia spp

Une analyse de selles doit être effectuée pour rechercher Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia et STEC chez les personnes souffrant de diarrhée accompagnée de fièvre, de présence de glaires ou de sang dans les selles, de crampes ou de sensibilité abdominales sévères, ou de signes de septicémie.

La vérification d’autres agents pathogènes, y compris les virus, ne se fait que dans des circonstances particulières.

Les indications pour la culture de selles sont donc les situations suivantes :

• Diarrhée fébrile aiguë
• Intoxication alimentaire collective fébrile
• Diarrhée avec signes de gravité clinique
• Diarrhée aiguë ou chronique chez les personnes immunodéprimées (la diarrhée aiguë est définie par 3 selles liquides et/ou molles (non moulées) par jour pendant moins de 14 jours)

Il n’y a pas lieu d’effectuer une culture de selles dans les situations suivantes :

• Sujets immunocompétents présentant une diarrhée aiguë (absence de glaires, de sang, de syndrome cholériforme et de fièvre).
• Selles moulées
• Chez les personnes hospitalisées pendant 3 jours pour une diarrhée aiguë, si elles ne consomment pas d’aliments extérieurs

Comme pour toutes les analyses bactériologiques, il convient idéalement de réaliser cet examen avant d’entamer une thérapie antibiotique.

Il n’est généralement pas recommandé de procéder à des examens de suivi dans le cadre de la prise en charge après la disparition de la diarrhée. Une réévaluation clinique et de laboratoire peut être indiquée chez les personnes qui ne répondent pas au traitement initial ; elle doit inclure la prise en compte d’affections non infectieuses.

Interférences et limites

• La prise d’antibiotique ou de médicaments antidiarrhéiques peut inhiber la croissance des bactéries pathogènes et entraîner des résultats faussement négatifs. Il est recommandé, dans la mesure du possible, d’arrêter la prise d’antibiotiques avant le prélèvement.
• Co-infections : la présence de plusieurs agents pathogènes dans les selles peut compliquer l’interprétation des résultats, car certains micro-organismes peuvent interférer avec d’autres.
• Pathogènes difficiles à cultiver : certains micro-organismes pathogènes (par exemple Campylobacter et Vibrio) peuvent ne pas être détectés si les milieux de culture ou les méthodes utilisées ne sont pas appropriés.